2.Если только вы работаете с сайтом, возможно разрешить вход на сайт только с вашего, или с определенных компьютеров — это задание вашему хостеру. Тогда все входы с других ip будут блокированы, и вирусы тоже

3.Запишите дату изменения индексного файла, это поможет вам найти другие вирусные файлы с такой же датой

4.Загрузите на сервер чистый индексный файл

5.Просмотрите все папки в поиски новых, наполненных не вашими файлами — удалите их.

6.Вирусы первым делом грузятся в папки со стандартными именами- начинайте искать в них. Чаще всего там будет файл Index.php, но возможет текстовый или иной файл: ориентируйтесь по дате создания файлов. Легче всего найти такие файлы в папках с картинками — там они сразу видны

7.Вирусы могут удалять целые папки или любые индексные файлы в поддоменах и папках. Вместо индексных файлов — там теперь лежат только файлы с записями [iframe][/iframe] — все это придется безжалостно удалить.

8.Если у вас есть на сайте PHP — это один из способов проникновения на сайт, ибо «дырки» в php-кодах легко становятся воротами на сайт, особенно это касается форумов. Если борьба с вирусами не закончена — примите решение о временной смене страниц на php на обычный html, а если это невозможно, то придется обойтись без этого.

9.Основным звеном в проникновении вирусов на компьютер и передачи их на сервер является особенность устройства браузера Интернет Эксплорер. Постоянно появляются обновления для него, однако по возможности, особенно на корпоративных компьютерах следует отказаться от использования IE и перейти на Оперу или Мозиллу. Оптимизаторы часто используют программу All-Submitter, которая использует движок Интернет Эксплорера. Заменить в настоящее время ее трудно, поэтому при использовании этого инструмента рекомендуется НЕ сохранять пароли в любых программах доступа по FTP и почтовых программах, где вирус может считать пароли на вход.

10.Если вы все сделали верно, а завтра опять появился вирус? Ищите его в своем Интернет-Эксплорере — если вы им все еще пользуетесь, то вам возможно вам следует очистить кэш Интернет Эксплорера.

11.Если у вас есть папка логов входа через FTP, вы сразу сможете определить, кто и куда входит на сайт через использование пары ЛОГИН-ПАРОЛЬ, кроме вас.

12.Поставьте файерволл. Поройтесь в его настройках и выставьте все необходимые вам опции (например, неплохой бесплатный Comodo Firewall Pro)

Источник: http://www.seomax.ru/vir.htm